Fő kutatási területe az immungenomika és a bioinformatika. Újabban az epigenetikai szabályozás valamint mikroRNS-ek génhálózati mechanizmusa felé fordult a figyelme. Korábban a Magyar Immunológiai Társaság és az MTA Immunológiai Bizottságának elnöke volt. Külföldi tanulmányútjai során dolgozott a dániai Odense Egyetemen (1980-81), a bostoni Harvard Orvosegyetemen (1984-86) és az Osakai Egyetemen (1989).
Falus András rendezte az első Immungenetikai Világkongresszust (2004) és az első Nemzetközi Immuninformatikai (Immunomikai) konferenciát (2006) is. Alapító tagja a Nemzetközi Immunomikai Társaságnak. Tagja, szerkesztője számos nemzetközi tudományos folyóirat szerkesztőbizottságának. Tagja az MLSZ Orvosi Bizottságának. Harmincnál több PhD hallgató írta meg disszertációját irányítása alatt.
Dr. Falus András elismerései:
- Széchenyi díj (2006),
- Neumann díj (2006),
- J.B. West award (2007),
- Semmelweis díj (2008),
- Kesztyűs Lóránd Emlékérem (2008),
- "Az év ismeretterjesztő tudósa"-Díj díjazottja (2000),
- A Henry G. Kunkel Társaság (Rockefeller University, New York) első Magyarországon dolgozó választott tagja.
Kilenc tudományos könyvet írt és szerkesztett, ezek többek között a Springer, Karger, John Wiley & Sons és a Landes kiadó gondozásában jelentek meg. Több mint 380 tudományos publikációjára mintegy 3800 idézetet kapott, kumulatív impakt faktora kb. 800, H indexe: 30.